Die Europäische Union hatte Owsjannikow im Jahr 2017 im Zusammenhang mit Handlungen, die “die Integrität der Ukraine bedrohen”, mit Sanktionen belegt. Grund war die Wahl Owsjannikows zum Gouverneur der Stadt Sewastopol auf der Halbinsel Krim. Er hatte dieses Amt bis 2019 inne. Dann trat er auf eigenen Wunsch zurück und wurde stellvertretender Minister für Industrie und Handel. Später verließ er das Ministerium und wurde nach einem Skandal am Flughafen von Ischewsk auch aus der Partei Einiges Russland ausgeschlossen. Der Beamte hatte sich geweigert, seine Dokumente und seine Bordkarte bei einer Kontrolle vorzuzeigen.
Danach hatte Owsjannikow keine Regierungsposten mehr inne. Er reichte Ende 2020 eine Klage bem Europäischen Gerichtshof ein, in der betont wurde, dass der ehemalige Beamte einen wirtschaftlichen Schaden infolge von Sanktionen erleide, die ihn daran hinderten, eine unternehmerische Tätigkeit auszuüben. Ihm zufolge beeinträchtigten die Sanktionen seine Geschäfte auf Zypern.
Im Oktober 2022 entschied der Europäische Gerichtshof, die Entscheidung der EU zur Verlängerung der verhängten Sanktionen gegen ihn aufzuheben. Die Entscheidung wurde damit begründet, dass Owsjannikow die Ämter, für die er sanktioniert wurde, nicht mehr innehat. Am 6. Februar wurde er von der EU-Sanktionsliste gestrichen, wie aus dem Amtsblatt der Europäischen Union hervorgeht.
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